בית הכנסת נמצא בשכונת נווה שלום ברחוב עובדיה סומך 11.
בית הכנסת הזה נבנה על ידי העדה הפרסית .  בכניסה אליו נכתב תאריך בנייתו בתאריך עברי - תרנ"ב (1892) ובתאריך לועזי – 1894.  תאריכים אלה אינם תואמים ושניהם מוטעים כיון שהשכונה נוסדה רק בשנת 1900.
בית הכנסת קרוא על שמו של יצחק כליפא שנפטר בדרך ארצה באניה, ומכיון שרב החובל סרב להוביל נפטר, הניחוהו בארון כשהוא עטוף בציצית והורידו את הארון לים.  לאחר שהגיעו ארצה קיבלו מכתב המודיע שהארון הגיע להודו והנפטר נקבר שם בבית העלמין היהודי. 
בתחילה התפללו העולים מפרס בצריף קטן שאותו נתן העולה בנימין ארזוני.  כעבור זמן היה הצריף צר מלהכיל.  התושבים חיפשו פתרון ואז תרם אברהם כליפא – בנו של יצחק כליפא , 50 אמה מרובע קרקע לעילוי נשמת אביו.  העדה קנתה ממנו עוד 50 אמה מרובע וכך על כל השטח אמורים היו לבנות את בית הכנסת.  התרומה שגייסו מהתושבים שהספיקה רק ליסודות.  שוב היה צריך להתרים את האנשים ואז הודיעו שמי שלא יכול לתרום כסף יתרום ימי עבודה.  וכך העמידו את הקירות והתחילו להתפלל במקום, בלי גג, בלי רצפה ובלי טיח.  כאשר הגיע החורף שוב ערכו מגביות ולקחו הלוואות עד שבניית הבית הסתיימה.
בבית הכנסת 12 חלונות כנגד 12 שבטים.  חלון נוסף הוא של עזרת נשים  כנגד דינה בת יעקב.
מפתן כניסה גבוה כדי שהנכנסים ישתחוו להיכל.
3 מדרגות לתיבה כנגד 3 האבות.
מדרגה אחת ליד ההיכל כנגד ה' אחד.
את ההיכל בנה ר' יוסף כליפא הנגר.
את הפרטים הנ"ל מסר לי ניסים בן אגאבבה בן יצחק בן רפאל שמש שהוא ואחיו רפאל הלכו בדרכי אביו וסבו ושרתו ת בית הכנסת.
עוד מספר ניסים שהעולים מפרס שלא היה להם מקום לינה כאשר הגיעו לירושלים, ישנו בעזרת הנשים, אבל היו חייבים לקום מוקדם, לסדר את המקום טרם תפילת שחרית.