הישיבה היתה ברחוב יפו 115 והיום, תוך פעילות שימור, האזור הופך לחלק מהשוק.
הישיבה נוסדה בעיר העתיקה בשנת 1841 על ידי הרב שמואל סלנט.  משנות ה – 50 של המאה ה – 19 שכנה הישיבה בחצר ה"חורבה" שבמרכז הרובע היהודי.  בישיבה היו 13 כיתות (רמות לימוד) כאשר המעבר מרמה לרמה היתה תלויה ביכולתו של התלמיד ולא בהכרח בגילו.  הילדים נכנסו לישיבה בגיל צעיר מאד ולמדו בה עד לנישואיהם.
עם זקנותו מינה הרב שמואל סלנט את בעלה של נכדתו – הרב יחיאל מיכל טוקצ'ינסקי למנהל הישיבה והוא זה שיזם את הקמת הסניף ברחוב יפו .  אז הוקם במקום גם "כולל" שהוא ישיבה עבור התלמידים שנישאו.
שני אישים מפורסמים מאד כיהנו בישיבה והם: הרב איסר זלמן מלצר שעמד בראש הישיבה החל משנת 1925 והרב אריה לוין שכיהן כמשגיח.
בשנת 1910 נפתח הסניף של הישיבה ברחוב יפו כאשר היה שם בית ישן, אליו נכנסה הישיבה.  כדי להגדיל את הכנסות הישיבה נבנו חנויות להשכרה על גבול השוק ובקצה המגרש של הישיבה ברחוב יפו. בשנת 1934 הוקם מבנה נוסף מפואר בין הבניין הישן ורחוב יפו ובשנת 1936 יצאה הישיבה מהעיר העתיקה ומרכזה היה בסניף של רחוב יפו.  בשיא גדלה הגיעה הישיבה ל – 13 סניפים שהיו פזורים ברחבי העיר.
במסגרת עבודות הקמת הרכבת הקלה הוסרו החנויות של רחוב יפו ונשארה רק החזית שלהן.
בשנת 2010 עזבה הישיבה את המתחם ברחוב יפו והמקום מיועד  למתחם חנויות, משרדים ומגורים.  הישיבה עתידה לעבור למתחם בית הספר למל ברחוב ישעיהו.
"ישיבת עץ חיים" נמצאת באתר "אהבת ירושלים" במסגרת - "סיור ברחוב יפו (4)"
​